Zooplankton jest bardzo dobrym bioindykatorem warunków fizycznych i chemicznych środowiska wodnego. Analizę struktury zespołu zooplanktonu Jeziora Długiego w Olsztynie oparto na materiałach zebranych w latach 2001–2003 (PAX) oraz w roku 2007 (rok kontrolny). Ustalono, że liczba gatunków oraz liczebność i biomasa zwierząt planktonowych były zróżnicowane i zależne od trofii jeziora oraz od czynników abiotycznych środowiska. Po przeprowadzonej rekultywacji Jeziora Długiego i odcięciu dopływu ścieków następowała powolna przebudowa struktury zooplanktonu w kierunku zwiększenia bogactwa gatunkowego oraz wyraźnego zmniejszenia liczby i liczebności gatunków wskaźnikowych trofii wód. Na podstawie indeksów zooplanktonowych stwierdzono, że wody Jeziora Długiego przed rekultywacją miały charakter eutroficzny ze znamionami politrofii, a po rekultywacji – mezoeutroficzny/mezotroficzny.

3-12