Bazując na łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR), opracowano wiele technik, które są stosowane w kryminalistyce, medycynie, badaniach filogenetycznych oraz do identyfikacji i różnicowania organizmów. Wybór metody do rutynowego stosowania w danym laboratorium nie jest prosty i wymaga zaznajomienia się z wieloma technikami. Chcąc ułatwić wybór metody do analizy drobnoustrojów, w pracy zamieszczono opis i porównanie następujących technik: RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA), PCRRFLP (PCR-Restriction Fragments Length Polymorphism), RISA (Ribosomal Intergenic Spacer Analysis), AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), Multiplex PCR oraz Real-time PCR. Metody porównano pod względem cech najbardziej użytecznych, jakimi są: zakres stosowania technik, powtarzalność analiz, trudność w wykonaniu oznaczeń, czasochłonność, możliwości automatyzacji badań oraz koszty jednostkowej analizy.

5-16